Томат — многолетнее травянистое растение из семейства пасленовых. Культурный томат возделывают как однолетник. Обычно высота растения не превышает 70 см, но в теплицах стебель может вытянуться до 3 м. Стебли прямостоячие или стелющиеся. Листья очередные, прерывисто-перисторассеченные, длиной до 35 см. Сегменты цельные или перистораздельные, на одном листе они разных очертаний и размеров. Стебли, листья и чашечки опушены железистыми волосками, обладают сильным специфическим запахом.
Цветки собраны в небольшие соцветия. Они имеют 5-листную зеленую чашечку, 5-лепестный зеленовато-желтый венчик диаметром до 2 см, 5 тычинок с крупными пыльниками, конусом окружающими столбик пестика. Плод — ягода разнообразной формы, величины и окраски, с многочисленными мелкими семенами. Преобладают плоды шаровидной, слегка сплюснутой или сливовидной формы, диаметром до 10 см, красного, малинового, розового, реже желтого или лимонного цвета. Семена сохраняют всхожесть до 8 лет.