Пробы берут раз в 10 дней, в те же сроки, когда делают контрольные обловы. Полезно брать пробы чаще (через 5 дней). Для сбора планктона пользуются батометром (см. Барометр) и планктониой сеткой (см. Планктонная сетка). Пробы планктона берут в разных, характерных для водоема точках (в зарослях, на открытом плёсе) обычно по 10 л с 0,1 га водоема. Штемпель-пипеткой или градуированной пипеткой берут 1 см³ пробы и подсчитывают в нем количество организмов, затем перечисляют на 1 л и на 1 ж³. Одновременно определяют и качественный состав пробы.

Для сбора бентоса пользуются дночерпателем (см. Дночерпатель). Места взятия проб устанавливают в связи с наличием разнообразных грунтов. Рекомендуется брать с площади в 0,1 га две пробы дночерпателем (0,01 м²) и затем пересчитывать на 1 м² площади.

Фиксируют пробы 4%-ным формалином и хранят в стеклянных пузырьках или пробирках. При контрольных обловах у рыбы вырезают кишечники и с этикеткой завязывают в марлю и помещают в банку с формалином. При обработке пробы содержимое кишечника выбирают, взвешивают, берут часть пробы, раскладывают на счетном стекле и подсчитывают, сколько тех или иных организмов находится в пробе. Затем путем пересчета определяют их численность и вес на 1 ж² дна и на всей площади пруда.

Иногда часть содержимого пробы по весу разбалтывают в определенном количестве воды. Пипеткой берут 0,5 см³ жидкости, подсчитывают в ней на глаз остатки пищи, и по наличию определенных частей тела (головы или хвоста) вычисляют численность и определяют вид организмов.

Интенсивность зарастания водоема чаще определяют глазомерно. Для учета количества и веса растительности пользуются метровой рамой, накладываемой на заросли в различных участках водоема. Население зарослей учитывают путем смыва организмов с растений, попавших в раму. Пересчет ведут на 100 г сырого веса растений. Для качественной оценки зарослевой фауны пользуются скребком (см. Скребок).