СТЕРЕОТАКСИЧЕСКИЙ АТЛАС — пособие, в котором приведены пространственные координаты основных подкорковых ядер мозга. Он составляется на основе системы совмещения координатных плоскостей стереотаксического аппарата и мозга. Для этого голова животного укрепляется в аппарате, и через трепанационные отверстия вводятся длинные маркирующие иглы по паре в двух или трех фронтальных плоскостях, а также в горизонтальной плоскости. Мозг фиксируется формалином, и после удаления горизонтальных игл из него вырезается блок таким образом, чтобы вертикальный разрез шел вдоль одной из пар игл во фронтальной плоскости. Затем изготавливаются серии фронтальных срезов, правильное направление которых определяется по наличию следов от маркирующих игл. На фотографиях или схемах мозга по следам от маркирующих игл наносится положение нулевых осевых линий, измеряются координаты различных точек мозга и на их основании составляют карты срезов с координатной сеткой. Кроме фронтальных срезов изготовляются несколько сагиттальных и горизонтальных карт, необходимых для всесторонней ориентации исследователя в конфигурации различных подкорковых структур. Координатная система стереотаксического аппарата совмещается с избранной координатной системой мозга и соответствующим С. а. мозга. Положение подкорковых структур определяют по прямоугольной системе координат, используя внешние ориентиры на черепе. Для каждого вида животных существуют отдельные С. а. мозга с указанием трех значений координат любой подкорковой структуры.