Эпигенетическая теория эволюции (ЭТЭ) (epigenetic theory of evolution) - совокупность представлений о наследственности, наследственной изменчивости и видообразовании на основе парадигмы об эпигенетической форме изменчивости и наследственности особей в популяциях. Концепция ЭТЭ предполагает, что в ходе онтогенеза изменениями могут быть затронуты не только белоккодирующие или регуляторные районы молекул ДНК, но и другие компоненты наследственной системы (идиоплазмы) вида, способные модифицировать процесс индивидуального развития особей. В соответствии с представлениями ЭТЭ, единицами отбора в процессе эволюционной трансформации вида выступают не отдельные молекулы генома, а отдельные особи, их измененный онтогенез (Шишкин, 1988). Эволюционная изменчивость в рамках ЭТЭ - это совокупная изменчивость онтогенезов особей в популяциях, в основе которой лежат изменения в идиоплазмах клеток. Идиоплазматические изменения могут быть связанными (а могут быть и не связанными) с изменениями кодирующих свойств молекул ДНК. Изменениями должны быть затронуты структурные компоненты идиоплазмы клеток, меняющие информационные свойства ее компонентов (инновации), а потому и всего онтогенеза в целом. С информационной точки зрения, ЭТЭ реализуется на базе бинарного состояния единиц наследственности различного иерархического уровня, т.е. ЭТЭ учитывает в совокупности как материальные, так и информационные аспекты изменчивости идиоплазмы. Теоретическая концепция ЭТЭ по механизмам изменчивости особей в популяциях отличается от концепции СТЭ. В соответствии с концепцией СТЭ, изменчивость особей в популяции связана с наследуемой изменчивостью молекул ДНК (мутации), т.е. с изменением частот генов и генотипов в популяциях. На современном этапе ЭТЭ можно рассматривать как синтез эволюционных представлений Ламарка, Дарвина и генетиков эволюционистов, придерживающихся концепции СТЭ. По этой причине ЭТЭ иногда называют как ламарконеодарвинизм или неоламаркодарвинизм. Становление эволюционного новшества в популяции ЭТЭ рассматривает как процесс, начинающейся с отбора соответствующего фенотипического уклонения, ведущего к изменению организации идиоплазмы половых клеток и к изменению онтогенеза особи (Современная палеонтология, 1988). ЭТЭ допускает возможность наследование приобретенных признаков в виде генетической ассимиляции идиоадаптаций (морфозов): наследуются модифицированные реакции онтогенеза как целостного процесса на нестандартные факторы внешней среды, меняющие условия развития особи (С. И. Малецкий, 2005).