Половые хромосомы (sex chromosomes) - пара хромосом, отличающихся от остальных хромосом ядра по своей морфологии, которые вместе с аутосомами (AG-комплекс генов) определяют пол цветков у раздельнополых растений - [♂] или [♀]. Например, у дремы белой (Melandrium alba), у конопли посевной (Canabis sativa) и некоторых других раздельнополых растений пол цветков контролируется морфологически хорошо различающимися половыми хромосомами: X- и Y-хромосомы. Половые хромосомы отличаются от аутосом ядра более плотной компактизацией хромосомных нитей, и при окрашивании эти районы выглядят плотными и темно-окрашенными (состояние гетеропикноза). Часто в виде плотно окрашенного гетеропикнотичного тельца в ядре представлена только Y-хромосома.