Родился в д. Зайково (ныне Пыталовского р-на Псковской обл.). Окончил Латвийскую с.-х. академию (1959). Доктор экономических наук (1974),
профессор (1976),
академик ВАСХНИЛ (1978). Видный ученый в области аграрной политики и экономики агропромышленного комплекса. Работал заведующим отделом пропаганды и агитации Укома КП Латвии (г. Абрене) (1940–1941). Участвовал в Великой Отечественной войне (1941–1944). Первый секретарь Укома КП Латвии (гг. Абрене и Даугавпилс) (1944–1945),
1945–1946). Окончил Высшую партийную школу при ЦК ВКП(б) (1945–1952). Секретарь ЦК КП Латвии (1946–1951),
министр сельского хозяйства Латвийской ССР (1951–1961). Старший научный сотрудник отдела экономики Латвийского НИИ земледелия (1962–1963),
директор Ставропольского НИИ сельского хозяйства (1963–1978),
академик-секретарь Отделения экономики и организации с.-х. производства ВАСХНИЛ (1978–1982),
одновременно (1981–1987) заведующий кафедрой планирования сельского хозяйства Московской сельскохозяйственной академии им. К.А. Тимирязева. Первый вице-президент ВАСХНИЛ (1982–1984). Президент ВАСХНИЛ (1984–1992),
одновременно заместитель председателя Государственного агропромышленного комитета СССР (1985–1992), директор Аграрного института (1990-1995). Похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве. После смерти А.А. Никонова
в феврале 1996 г. на основе слияния Аграрного института и ВНИИ кибернетики образован Всероссийский институт аграрных проблем и информатики, которому решением
Президиума Россельхозакадемии от 29 августа 2002 г. присвоено имя А.А. Никонова.
Является разработчиком методологии устойчивого ведения сельского хозяйства в современных условиях. Внес значительный личный вклад в организацию деятельности экспериментальных агропромышленных формирований и распространение прогрессивных форм организации труда.
Заслуженный деятель науки РСФСР (1978). Награжден 4 орденами Ленина (1950,
1958,
1966, 1988),
орденом Октябрьской Революции (1971),
орденом Красного Знамени (1942),
2 орденами Трудового Красного Знамени (1946,
1974),
орденами Отечественной войны I и II степени (1985,
1945),
12 медалями СССР, орденом Командора с голубой лентой Польской республики, Премией имени А.В. Чаянова (1996). Действительный член Академии наук СССР (1984). Академик Академии с.-х. наук ГДР (1985),
почетный член Венгерской АН (1988) и Латвийской АН (1991). Опубликовано более 300 научных трудов на русском и латышском языках,
в том числе 27 книг и брошюр. Ряд трудов опубликован за рубежом.
Лит.: О некоторых вопросах совершенствования системы ведения хозяйства и углубления специализации сельскохозяйственного производства. — Ставрополь: Кн. изд-во,
1968. — 85 с.
Экономические основы системы сельского хозяйства. — Ставрополь: Кн. изд-во,
1975. — 295 с.
Интенсивное развитие агропромышленного комплекса: учеб. пособие для специалистов и руководителей колхозов,
совхозов,
предприятий АПК /
соавт.: А.М. Емельянов и др. — М.: Агропромиздат,
1986. — 253 с. — То же. — 2-е изд.,
перераб. и доп. — 1987. — 303 с.
Аграрные отношения: теория,
историческая практика,
перспективы развития / соавт.: И.Н. Буздалов и др.; РАН. — М.: Наука,
1993. — 270 с.
Спираль многовековой драмы: аграрная наука и политика России (XVIII–XX вв.). — М.: Энцикл. рос. деревень,
1995. — 574 с.